خلفت قرعة الدور الثالث من مسابقة كأس الاتحاد الأوروبي لكرة القدم لموسم 2008-2009 مواجهة قوية بين فيردر بريمن الألماني وميلان الايطالي.
وتقام منافسات الدور الثالث بنظام خروج المغلوب بعد مباراتي الذهاب والإياب، ويلتقي الفائز في مباراة بريمن وميلان مع أولمبياكوس اليوناني أو سانت إتيان الفرنسي.

ووزعت الفرق على 4 مستويات، فضم الأول الفرق صاحبة المركز الثالث في دور المجموعات وهي باريس سان جرمان واولمبياكوس وسامبدوريا الإيطالي ونيميغن الهولندي وبراغا البرتغالي وأستون فيلا الإنكليزي وكوبنهاغن الدنماركي وليش بوزنان البولندي، والثاني الفرق المتصدرة وهي مانشستر سيتي الانكليزي وميتاليست الأوكراني وستاندار لياج البلجيكي واودينيزي الإيطالي وفولفسبورغ الألماني ومواطنه هامبورغ وسانت اتيان وسسكا موسكو الروسي.
والثالث الفرق صاحبة المركز الثالث في دور المجموعات لمسابقة دوري أبطال أوروبا وهي فيردر بريمن ومرسيليا الفرنسي وزينيت سان بطرسبورغ الروسي حامل اللقب وبوردو الفرنسي وشاختار دانيتسك الأوكراني وفيورنتينا الإيطالي ودينامو كييف الاوكراني والبورغ الدنماركي.
والرابع الفرق صاحبة المركز الثاني في دور المجموعات لمسابقة كأس الاتحاد الأوروبي وهي تونتي انشكيده الهولندي وغلطة سراي التركي وشتوتغارت الألماني وتوتنهام وميلان واياكس الهولندي وفالنسيا الإسباني ومواطنه ديبورتيفو لا كورونيا.